紫檀殿建成后,元代帝王曾在此召見高麗王世子及從臣,賜宴飲酒,此外,一些祈祥求瑞的巫術活動也在此進行。《朝鮮史略》記載:高麗忠烈王十七年(即元世祖至元二十八年,公元1291年),元世祖于紫檀殿內召見高麗忠烈王世子及從臣“帝召見世子于紫檀殿,御案前有物,大圓小銳,色潔而貞,高可尺有五寸,內可受酒數斗,乃摩訶缽國所獻駱駝鳥卵也。帝命世子觀之,仍使可臣賦詩以進。可臣獻詩曰:‘有卵大如甕,中藏不老春。愿將千歲壽,醺及海東人。’帝嘉之,輟賜御羹。”另據史載,“高麗忠烈王十八年(元世祖至元二十九年元1292年)八月,遣郎將秦良弼押咒人巫女如元,帝召之也九月,帝御紫檀殿引見,世子令咒人巫女等入殿執帝手足咒之帝笑。”元英宗“至治間,燕人史騾兒善琵琶,蒙上愛幸。上使酒,無敢諫者。御紫檀殿,一日飲,騾兒丿歌殿前歡曲有酒神仙之句。上怒,叱左右殺之。后悔曰:‘騾以酒諷我也’。
從上述文獻記載來看,元代帝王于紫檀殿內召見高麗王世子及從臣,賞賜御羹,又在此秘招高麗巫女咒人,祈祥求瑞,或在此殿豪飲無度,為伶人所諷諫,可見紫檀殿并非元代帝王處理朝政、舉行重大朝會活動的正殿,而是屬于款待藩屬、秘作符咒、或暴殄豪飲之所,元代帝王的一些與朝會政事無關的活動選在此殿進行。紫檀殿雖非正殿,但它在元朝宮殿中的地位非同一般,元朝世祖皇帝忽必烈最后病逝之所,就是在紫檀殿內。元世祖至元“三十一年(公元1294年)春正免朝賀。癸亥知樞密院事伯顏至軍中月壬子朔,帝不豫,于紫檀殿元世祖皇帝忽必病情危篤后,于紫檀殿內辭世,正說明了該殿在世祖皇帝庚午,帝大漸。癸西,帝崩世前的病情加重時刻,為世祖皇帝的就寢休憩之寢殿,紫殿在元代皇宮里的重要性于此可見一斑。